Мікрофлора уретри чоловіків представлена головним чином епідермальним стафілококом, деякими видами альфа-гемолітичних стрептококів (переважно зелених), корінебактеріями та Ureaplasma urealyticum у невеликій кількості.
Палички – єдині мікроорганізми, які мають бути присутніми в мазку. Якщо ж у складі мікрофлори є й інші мікроорганізми, то це може свідчити про наявність інфекції. Серед патогенів можуть бути дріжджові гриби (ознака кандидозу, або молочниці), трихомонади, гонококи – збудники гонореї.
Дослідження виділень сечостатевих органів (чоловічий мазок) дає змогу оцінити стан мікрофлори уретри. За його допомогою дають напівкількісну оцінку загальній мікробній обсіменілості, стану епітелію, виявляють запалення, визначають склад мікрофлори, а також наявність кандидозу (молочниці), трихомоніазу та гонореї.
Із сучасних позицій нормальну мікрофлору розглядають як сукупність мікробіоценозів, що займають численні екологічні ніші на шкірі та слизових усіх відкритих зовнішньому середовищу порожнин організму.