Побічні ефекти Алергічні реакції. В окремих випадках – діарея, запор, відчуття дискомфорту в ділянці шлунка, нудота (причинно-наслідковий зв'язок розвитку цих реакцій з дією панкреатину не встановлено, оскільки зазначені явища належать до симптомів зовнішньосекреторної недостатності підшлункової залози).
При тривалому застосуванні у високих дозах можливий розвиток гіперурікозурії, гіперурикемії. При муковісцидозі у разі перевищення необхідної дози панкреатину можливий розвиток стриктур (фіброзної колонопатії) в ілеоцекальному відділі у висхідній ободовій кишці.
Іноді призначають разовий прийом препарату (при підготовці до УЗД, легкому метеоризмі). При лікуванні таких захворювань, як гастрит, препарат можна приймати протягом кількох місяців. А при проведенні замісної терапії пацієнти можуть пити панкреатин роками.
Крім того, Панкреатин можна застосовувати з профілактичною метою у разі вживання великої кількості важкої незвичної їжі (інструкція МОЗ України). Особливо така профілактика рекомендована тим, хто обмежує свій раціон саме через складність перетравлення деяких продуктів.